ビーガンのアドニス:変数の順序または階層の使用
On 2月 15, 2021 by admin adonis()
関数を<で使用していますdiv id = "6575de7391">
パッケージを使用して、1)共起する宿主種が複数のサイト間で微生物群集で異なるかどうか、および2)サイトが異なるかどうかを判断します。 CVとSOに関するすべての投稿を調べましたが、アドニス関数を使用して複数の要因の有意性を判断する方法に対する明確な答えはありません。
https://stackoverflow.com/questions/26768779/vegan-adonis-unbalanced-design-ss-type-ii-or-iii :
ここで、jaccは、jaccardメトリックを使用した非類似度行列です
adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare) adonis Call: adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare) Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Species 2 0.6055 0.30273 1.7690 0.04981 0.004 ** Site 4 2.1378 0.53445 3.1231 0.17587 0.001 *** Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432 Total 61 12.1554 1.00000 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
次に順序を逆にします:
adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare) adonis_2 Call: adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare) Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Site 4 2.4385 0.60962 3.5623 0.20061 0.001 *** Species 2 0.3048 0.15238 0.8904 0.02507 0.716 Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432 Total 61 12.1554 1.00000 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
しかし、順序が重要であるため、それを解釈する方法がわかりません。種間で違いがあるかどうかはよくわかりません。
検索の結果、層を使用することにしました。
これは、次のように言っていると思います。同じ場所の種のみを比較します。
species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare) species_adonis Call: adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site) Blocks: strata Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Species 2 0.6055 0.30273 1.5464 0.04981 0.335 Residuals 59 11.5500 0.19576 0.95019 Total 61 12.1554 1.00000
次に、サイトについて質問するために、ブロックで種を使用しました。
これは、サイトが異なるということだと思います。同じ種のみを比較する場合
site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare) Call: adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species) Blocks: strata Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Site 4 2.4385 0.60962 3.5761 0.20061 0.001 *** Residuals 57 9.7169 0.17047 0.79939 Total 61 12.1554 1.00000 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
私の結論は、特定の種の微生物群集はサイト間で異なりますが、微生物群集はサイト間で異ならないということです。宿主種。
私のアプローチは正しいですか、それとも階層の使用を誤って解釈していますか(つまりブロッキング)?
または、変数の順序を切り替えたときに、テスト全体を平均化する方法はありますか? ?
回答
ご存知のとおり、固定係数を反転させて2つのアドニスモデルを実行すると、両方の分散がわかります。各因子に割り当てられ、P値は毎回異なります。これは、各因子に関連する自由度が異なる、あなたのような不均衡な設計で発生します。
実験の説明から、古典的なケースのように見えます。種がサイトにネストされているネストされたデザインの例。この場合、探しているモデルは次のようになります。
adonis <- adonis(jacc ~ Site / Species, strata = Site, data = df_compare)
。
ネストされている必要があることに注意してください。モデルの定式化と階層に記載されています( Jari Oksanenによる返信を参照)。
コメント
- Oksanen返信のリンクを更新できますか?
- 申し訳ありませんが、新しいリンクが見つかりません。フォーラムは閉鎖されました。
コメントを残す