완전 채식의 아도니스 : 변수 순서 또는 지층 사용
On 2월 15, 2021 by admin adonis()
함수를 vegan
패키지를 사용하여 1) 공동 발생 숙주 종이 여러 사이트에 걸쳐 미생물 군집에서 다른지, 2) 사이트가 다른지 확인합니다. CV 및 SO에 대한 모든 게시물을 검토했지만 아도니스 함수를 사용하여 여러 요인의 중요성을 결정하는 방법에 대한 명확한 답변이 없습니다.
https://stackoverflow.com/questions/26768779/vegan-adonis-unbalanced-design-ss-type-ii-or-iii :
여기서 jacc는 jaccard 측정 항목을 사용하는 비 유사성 매트릭스입니다.
adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare) adonis Call: adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare) Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Species 2 0.6055 0.30273 1.7690 0.04981 0.004 ** Site 4 2.1378 0.53445 3.1231 0.17587 0.001 *** Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432 Total 61 12.1554 1.00000 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
그런 다음 순서를 반대로합니다.
adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare) adonis_2 Call: adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare) Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Site 4 2.4385 0.60962 3.5623 0.20061 0.001 *** Species 2 0.3048 0.15238 0.8904 0.02507 0.716 Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432 Total 61 12.1554 1.00000 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
하지만 순서가 중요하기 때문에 해석하는 방법을 모르겠습니다. 종들간에 차이가 있는지 잘 모르겠습니다.
몇 가지 검색 후 지층을 사용하기로 결정했습니다.
나는 이것이 말하는 것 같습니다. 같은 위치에있는 종만 비교하십시오.
species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare) species_adonis Call: adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site) Blocks: strata Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Species 2 0.6055 0.30273 1.5464 0.04981 0.335 Residuals 59 11.5500 0.19576 0.95019 Total 61 12.1554 1.00000
그런 다음 사이트에 대한 질문을하기 위해 차단에 종을 사용했습니다.
이것은 사이트가 다르다는 것입니다. 동일한 종만 비교할 때
site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare) Call: adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species) Blocks: strata Permutation: free Number of permutations: 999 Terms added sequentially (first to last) Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F) Site 4 2.4385 0.60962 3.5761 0.20061 0.001 *** Residuals 57 9.7169 0.17047 0.79939 Total 61 12.1554 1.00000 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
내 결론은 특정 종의 미생물 군집은 사이트마다 다르지만 미생물 군집은 서로 다르지 않다는 것입니다. 숙주 종.
내 접근 방식이 맞습니까, 아니면 계층 사용 (예 : 차단)을 잘못 해석하고 있습니까?
또는 변수 순서를 바꿀 때 테스트를 평균하는 방법이 있습니까? ?
답변
자신이 언급했듯이 고정 인자를 거꾸로 한 두 개의 아도니스 모델을 실행하면 두 분산이 모두 각 요인에 할당되고 P- 값이 매번 달라집니다. 이는 각 요인과 관련된 자유도가 다른 불균형 설계에서 발생합니다.
실험 설명에서 보면 전형적인 사례처럼 보입니다. Species가 Site에 중첩되어있는 중첩 된 디자인입니다.이 경우 찾고있는 모델은 다음과 같아야합니다.
adonis <- adonis(jacc ~ Site / Species, strata = Site, data = df_compare)
.
중첩은 모델 공식과 계층에 명시되어야합니다 ( Jari Oksanen의 답변 참조).
댓글
- 옥사 넨 답장 링크를 업데이트 할 수 있습니까?
- 죄송합니다. 새 링크를 찾을 수 없습니다. 포럼이 종료되었습니다.
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